Các nhà sử học cho rằng phương pháp làm sạch đường ruột được sử dụng lần đầu tiên bởi người Ai Cập. Trong các tài liệu như Ebers Papyrus thế kỉ 14 TCN và Edwin Smith Papyrus (năm 1700 TCN) đều đề cập đến việc làm sạch đường ruột cũng như các phương pháp liên quan.

Thế kỉ thứ 17 được biết đến là “kỷ nguyên làm sạch ruột”. Việc làm sạch ruột nhiều đến mức ba đến bốn lần một ngày được chấp nhận trong cộng đồng cư dân Paris lúc bấy giờ, nơi mà mọi người tin rằng phương pháp này là cần thiết để khỏe mạnh.

Đến cuối thế kỉ 19 và đầu thế kỉ 20, với sự xuất hiện của nhựa, việc làm sạch ruột dần dần được thay thế bởi các thiết bị thủy trị liệu đường ruột, giúp tăng khả năng làm sạch một cách đáng kể.

Bác sĩ John Harvey Kellogg, của viện điều dưỡng Battle Creek nổi tiếng, báo cáo trên Tạp chí American Medicine 1917, rằng trong khi điều trị hơn 40,000 ca bệnh về tiêu hóa, ông chỉ phẫu thuật 20 ca. Những ca còn lại là điều trị bằng việc làm sạch hệ ruột, cải thiện chế độ ăn uống và tập luyện.

Thủy trị liệu đường ruột dần thu hút sự chú ý của bác sĩ James A.Wiltsie, người đã khẳng định rằng “những hiểu biết của chúng ta về sinh lý học bình thường và bất thường của đường ruột, về bệnh học và cách chăm sóc, vẫn chưa thể bắt kịp với những hiểu biết về các cơ quan nội tạng và hệ thống khác của cơ thể.” Ông nói tiếp “Chừng nào chúng ta vẫn còn cho rằng hệ đường ruột sẽ tự hồi phục, thì chừng đó chúng ta sẽ tiếp tục bỏ qua một trong những nguồn gốc bệnh tật có thể là quan trọng nhất của toàn bộ cơ thể.”